De endoscoop (endo = in en scopie = kijken) wordt tegenwoordig bij heel veel onderzoeken en ingrepen gebruikt. Endoscopie is dus een kijkje in het paard. Een endoscoop is een flexibele slang of starre buis met daarop een camera en een lichtbron. Er zijn diverse soorten endoscopen waarmee we kunnen kijken in de neus, luchtzakken, keel, luchtpijp, Voorhoofdsholtes, slokdarm, maag, plasbuis, blaas, baarmoeder en gebrichten. De beelden zijn te zien op een scherm.
Om te kijken in de luchtwegen wordt een laryngoscopie uitgevoerd. Dit wordt bijvoorbeeld gedaan om te kijken of het paard cornage (verlamming van een of twee stembanden) heeft, maar ook bij paarden die hoesten, neusuitvloeiing of een verminderd uithoudingsvermogen hebben. De paardenarts zal beginnen met kijken in de neus en daarna of de luchtzakopeningen schoon zijn. De keel wordt goed bekeken. Zijn er ontstekingen te zien en zijn de stembanden symmetrisch? Als we tussen de stembanden doorgaan kunnen we de luchtpijp bekijken. Bij hoestende paarden zien we vaak gelig slijm.
Bij merries kijkt de paardenarts met een endoscoop via de vagina in de urinebuis. Bij een mannelijk dier is een lichte sedatie nodig zodat de penis uitschacht. Om de wand van de plasbuis goed te bekijken op ontstekingen wordt de blaas eerst leeg gemaakt. Om de blaas te bekijken op bijvoorbeeld blaasstenen wordt deze opgeblazen met lucht.
Bij arthroscopie kunnen we met een starre scoop via een klein gaatje in de huid in een gewricht of peesschede kijken naar gewrichtsaandoeningen.